Du XIXe siècle à nos jours
La seule certitude que l'on puisse avoir concernant l'origine du moulin est la mention 1831 gravée sur une des roues motrices.
Le lieu-dit Boureille, orthographié Bourdiel, apparait sur la carte de Cassini de 1747, puis sur la carte de Belleyme de 1774 avec une ferme et un moulin - ou un pigeonnier ? - sous le nom de Bourdeil.
Les deux lieux-dits avec chacun un bâti sont présents sur le cadastre napoléonien de 1812.
La famille Ladonne aurait acquis le moulin en 1807. François Ladonne, boulanger au Mas-d'Agenais, meunier de son état, le vendit le 22 septembre 1894 à Gustave Laporte, qui le maintint en état de marche jusqu'au 30 mai 1908.
En 1908, Jean Gustave Laporte lègue le moulin au Bureau de Bienfaisance de Gontaud, à charge pour lui de le faire inhumer dans le caveau creusé sous le moulin, aux côtés de ses parents. Il exige, dans son testament, d'être installé dans un cercueil assez haut pour pouvoir y être assis, avec, à côté de lui, une petite table, un morceau de pain, une bougie et une boîte d'allumettes. Une somme de 400 francs doit servir à l'entretien du tombeau.
Vue la modicité de la somme, le moulin est vraisemblablement laissé en l'état après la guerre 14-18 et menacé de disparition, victime des outrages du temps et des hommes. Le 19 août 1967, un état des lieux est établi avec l'accord du maire de la commune : "En résumé, moulin et enclos présentent un état d'abandon total, non entretenus depuis des années, livrés aux intempéries et, en ce qui concerne le moulin, exposé à une rapide perdition, encore qu'il renferme tout son mécanisme complet. Il n'est pas encore trop tard..."
En 1975, la commune de Gontaud, propriétaire du moulin, décide de lancer sa restauration complète avec l'aide de la Fédération Compagnonnique d'Agen et du CAMESIRA. Le 22 mai 1981 fête la renaissance du moulin. C'est le premier à être restauré en Lot-et-Garonne. Le site est inscrit aux Monuments Nationaux depuis le 30 mai 1979.